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1、提高土壤肥力：部分菌劑可以增加土壤中氮磷鉀營養元素的含量；還可以提高一些土壤酶類活性，微生物制劑有利于土壤中養分的轉化方便植物的吸收利用。另外，在微生物制劑的幫助下會產生大量的二氧化碳，可提高土壤保水、保肥能力。
2、促進難溶的礦質營養釋放：生物微生物制劑使土壤酶活性提高，使不溶性土壤養分溶解利于植物吸收。同時，還分泌一些有機酸性物質，能分解有機質，產生的糖有利于固氮細菌的生長。
3、幫助農作物吸收養分：如根瘤菌可刺激豆科植物的根部形成根瘤，使土壤中的氮轉化為作物能吸收的氮肥。
4、增強植物抗病（蟲）能力：微生物制劑中的微生物在土壤中能分泌抗生素、殺蟲劑及植物生長激素。抗生素及殺蟲劑能殺滅植物病害及害蟲的蟲卵，植物生長激素促進葉綠素含量升高，提高植物光合作用的能力。
5、增強植物的抗逆能力：有些微生物菌劑施用后，在土壤中大量生長繁殖，聚集在作物根部形成優勢菌群，在其自身生長過程的同時，改善周圍的環境，提高植物體的抗逆性。
6、提高作物品質：菌群中的側孢芽孢桿菌、枯草芽孢桿菌、凝結芽孢桿菌等可降低植物體內硝酸鹽含量20%以上，能降低重金屬含量，可使果實中Vc含量提高30%以上，可溶性糖提高2~4度。
